Lulusan S2 Pendidikan Biologi FKIP UNS diharapkan memenuhi kualifikasi sebagai berikut:
- Lulusan magister pendidikan biologi yang dapat mengembangkan keilmuan dan teknologi dalam pembelajaran Biologi.
- Lulusan magister pendidikan biologi yang mampu mengembangkan strategi peyelesaian masalah pembelajaran biologi dengan pendekatan inter dan atau multi disiplin.
- Lulusan magister pendidikan biologi yang mampu mengembangkan penelitian bidang pembelajaran biologi berdasarkan metodologi yang tepat serta mempublikasikan hasil penelitiannya dalam forum ilmiah dan jurnal ilmiah nasional maupun internasional.
- Lulusan magister pendidikan biologi yang mampu mengembangkan kurikulum, merancang dan menciptakan media, sumber belajar, dan asesmen berbasis teknologi di bidang pembelajaran biologi.