Program Studi Magister (S2) Pendidikan Biologi Universitas Sebelas Maret berdiri berdasarkan SK Kementerian Riset, Teknologi, dan Perguruan Tinggi No. 400/KPT/I/2016 Tanggal 13 September 2016. Program Studi Magister (S2) Pendidikan Biologi Pascasarjana UNS dibuka untuk memberikan kesempatan kepada para sarjana dari berbagai jurusan berbasis Biologi terutama Pendidikan Biologi untuk mengembangkan kemampuan teoritik maupun aplikatif di bidang pendidikan. Kebutuhan akan tenaga pendidik dan peneliti yang profesional serta mampu mengikuti perkembangan IPTEKS terkini merupakan faktor utama yang memotivasi dibukanya Program Magister Pendidikan Biologi guna mencetak sumberdaya manusia unggul yang bereputasi di tingkat internasional.